El Proyecto del Centro Termal de Villaguay tienen sus orígenes en un accidental episodio: en 1996 un chorro de agua caliente salió por las duchas de Obras Sanitarias Municipal, como anunciando su presencia bajo las capas subterráneas.
Al año siguiente del descubrimiento, el por entonces intente municipal incluyó dentro de los proyectos para su gestión la creación de un Complejo Termal. Las tratativas con el Ejército Argentino para que éste cediera parte de sus terrenos, a cambio de otros, fue el primer paso dado en el tema. La negociación culminó en 1999 cuando el municipio adquirió un predio de 26 hectáreas.
La ubicación, a 5 cuadras de la Ruta Nacional Nº 18, parecía colocarlo como un lugar excelente para el desarrollo del complejo termal, pero contaba con un cañadón que desembocaba en el arroyo Villaguay, en el cual se volcaría el excedente de aguas termales. Debido a sus características y la alta salinidad esto hubiera provocado un desastre ecológico, modificando todo el ecosistema.